Căn cứ Quyết định số 3868/QĐ-BNN-TCCB ngày 09/9/2014 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bệnh viện Đa khoa Nông nghiệp.
Theo đó Bệnh viện Đa khoa Nông nghiệp gồm có 03 cơ sở. Trụ sở chính (cơ sở 1) của Bệnh viện đặt tại xã Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì, Hà Nội; Cơ sở 2 tại số 16 ngõ 183 phố Đặng Tiến Đông và số 115 I7 phố Phương Mai, quận Đống Đa, Hà Nội; Cơ sở 3 tại số 81 đường Lý Thánh Tông, quận Đồ Sơn, thành phố Hải Phòng. Về cơ cấu tổ chức Bệnh viện gồm 07 phòng chức năng; 21 khoa lâm sàng; 06 khoa cận lâm sàng và 02 trung tâm.
Giám đốc Bệnh viện: Thầy thuốc nhân dân. Phó Giáo sư. Tiến sĩ. Hà Hữu Tùng
Các Phó Giám đốc Bệnh viện:
Thầy thuốc Ưu tú. Bác sĩ Cao cấp. Đỗ Thế Hùng
Thầy thuốc Ưu tú. Tiến sĩ. Bác sĩ. Tống Lê Văn
07 phòng chức năng
1. Phòng Tổ chức cán bộ (Trưởng phòng: BSCK2. Đinh Xuân Bình);
2. Phòng Kế hoạch tổng hợp (Trưởng phòng: BSCK2. Hoàng Công Trang);
3. Phòng Tài chính – Kế toán (Trưởng phòng: ThS. Lê Văn Thiện);
4. Phòng Điều dưỡng (Trưởng phòng: ThS.BS. Lê Văn Lễ);
5. Phòng Hành chính, Quản trị (Trưởng phòng: Cử nhân Phạm Văn Thắng);
6. Phòng Vật tư, thiết bị y tế (Phụ trách: BSCK2. Hoàng Công Trang);
7. Phòng Quản lý chất lượng bệnh viện (Trưởng phòng: BSCK1. Lưu Công Chính).
21 khoa Lâm sàng:
1. Khoa Khám bệnh (Trưởng khoa: BSCK2. Vũ Tuấn Anh) ;
2. Khoa Cấp cứu và Chống độc (Trưởng khoa: BSCK1. Lý Công Hinh);
3. Khoa Hồi sức tích cực (Trưởng khoa: BSCK1. Nguyễn Thị Thu Hà);
4. Khoa Nội tổng hợp (Trưởng khoa: BSCK2. Mai Văn Hải);
5. Khoa Nội tim mạch – Nội tiết (Trưởng khoa: ThS.BS. Tạ Xuân Trường)
6. Khoa Nội Thần kinh (Trưởng khoa: BSCK2. Mai Văn Hải)
7. Khoa Thận – Tiết niệu – Lọc máu (Trưởng khoa: BSCK2. Lê Quang Hải);
8. Khoa Truyền nhiễm (Trưởng khoa: BSCK2. Nguyễn Tân Trang);
9. Khoa Y học cổ truyền (Trưởng khoa: ThS.BS. Trương Thành An);
10. Khoa Phụ sản (Trưởng khoa: BSCK1. Lê Thị Hồng);
11. Khoa Nhi (Trưởng khoa: Tiến sĩ.BS. Nguyễn Văn Nguyên);
12. Khoa Ngoại tổng hợp (Trưởng khoa: BSCK2. Nguyễn Thanh Tùng);
13. Khoa Ngoại chấn thương (Trưởng khoa: BSCK2. Lê Việt);
14. Khoa Phẫu thuật – Gây mê hồi sức (Trưởng khoa: TS.BS. Dương Anh Khoa);
15. Khoa Tai Mũi Họng (Trưởng khoa: TTƯT. BSCC. Đỗ Thế Hùng);
16. Khoa Răng Hàm Mặt (Trưởng khoa: ThS.BS. Nguyễn Bá Ngọc);
17. Khoa Mắt (Trưởng khoa: BSCK2. Phạm Thị Thu Hoài);
18. Khoa Ung bướu (Trưởng khoa: BSCK1. Phạm Đình Tuần);
19. Khoa Da liễu (Trưởng khoa BSCKII. Vũ Việt Dũng);
20. Khoa Vật lý trị liệu – Phục hồi chức năng (Trưởng khoa: BSCK2. Huỳnh Đăng Ninh)
21. Khoa Y học lao động và Bệnh nghề nghiệp;
06 Khoa Cận lâm sàng:
1. Khoa Xét nghiệm và Giải phẫu bệnh (Trưởng khoa: BSCK1. Nguyễn Trọng Hưng);
2. Khoa Thăm dò chức năng (Phụ trách: BSCK2. Mai Văn Hải);
3. Khoa Tiết chế – dinh dưỡng; (Phụ trách: TS.BS. Nguyễn Văn Nguyên)
4. Khoa Chẩn đoán hình ảnh (Trưởng khoa: BSCK2. Đinh Xuân Bình);
5. Khoa Chống nhiễm khuẩn (Trưởng khoa: BSCK1. Nguyễn Ngọc Hải);
6. Khoa Dược (Trưởng khoa: TTƯT. DSCK2. Nguyễn Trọng Cường).
02 Trung tâm:
1. Trung tâm Phục hồi chức năng Đồ Sơn, Hải Phòng (Phụ trách Trung tâm: CN. Phạm Thị Nga);
2. Trung tâm Tin học (Giám đốc Trung tâm: CN. Nguyễn Mạnh Hà).
